gente consegui resolver o problema da seguinte forma

depois do if coloquei o resto da funcao como else if

não sei se seria a melhor solução .. mas deu certo ... obrigado

Boa tarde, João! Como vai?

Mto bem! Que bom que vc conseguiu resolver! Inclusive marquei a sua resposta como solucionadora.

Só uma dica: quando for postar código no fórum, use o botão "inserir código" e cole o seu código no lugar indicado para que ele saia com a formatação correta e facilite na hora do pessoal te ajudar!

Grande abraço e bons estudos!

Nossa, agora que vi o jeito que ficou a postagem, segue o codigo que comentei acima, eu tinha colocado em 3 if ae sempre que mostrava o alert ele fazia os demais ifs, agora desse jeito não. Obrigado a todos

function legislacao(formulario){
    if (document.getElementById('lei').value == "subvencoes" && document.getElementById('legislacaoAno').value == "2018" || document.getElementById('lei').value == ""){ 
        chamaAlerta();
    } else if (document.getElementById('lei').value == "ppa"){ 
        window.open(document.getElementById('lei').value + document.getElementById('legislacaoperiodo').value + '.pdf', 'janela1', 'width=800, height=600, scrollbars=1, resizable=yes');
        } else { 
            window.open(document.getElementById('lei').value + document.getElementById('legislacaoAno').value + '.pdf', 'janela1', 'width=800, height=600, scrollbars=1, resizable=yes');
        }
}