Para quem não entendeu a lógica por trás da função trocaBandeira.

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>
var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

function desenhaBandeiraBrasil() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.fillStyle="darkblue";
    pincel.beginPath();

    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
    pincel.fill();
}


function desenhaBandeiraAlemanha() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}

function limpaTela() {

    pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);
    }

var mostraBrasil = true;

function trocaBandeira(){
    if(mostraBrasil){
        desenhaBandeiraBrasil();
    }
    else{
        desenhaBandeiraAlemanha();
    }
    mostraBrasil = !mostraBrasil;
}
    // na primeira vez que ativar a função pelo setInterval, o mostraBrasil será true e por isso será atividado a função de desenhar a bandeira brasileira, porém depois disso no final da função o mostraBrasil se tornará false. 
    //Após 3 segundos o setInterval ativa novamente a função trocaBandeira, porém nela o mostraBrasil está agora false por causa da ultima ação da função na ativação anterior, por isso invés disso vai ser ativado o desenho da bandeira alemã. Contudo, novamente no final da função o mostraBrasil tem seu valor invertido novamente, voltando a ser true.
    // Depois de 3 segundos, o setInterval ativa a função novamente , só que dentro dela o mostraBrasil está true , portanto será ativado o desenho da bandeira brasileira denovo e no final da função o valor de mostraBrasil será invertido novamente, recomeçando o ciclo.

setInterval(trocaBandeira, 3000);
</script>