Oi Pedro,
faz bastante diferença sim.
O Watson não vai deixar de entender se você só cadastrar as palavras, ele vai saber ler essas palavras e você pode sim fazer isso, mas ao fazê-lo é como se você desse menos "material" para ele entender e trabalhar.
Por baixo das intenções que você cria, ele usa alguns algoritmos para classificar novas entradas de usuário e assim saber em qual intenção ela se encaixa e qual é a melhor resposta que ele pode dar. Ou seja, quanto mais exemplos você der, melhor, pois mais ele vai ter pra entender um exemplo novo.
Por isso, também é importante separar o tema dessas intenções direitinho, se você misturar ele fica confuso :p.
No seu caso, e usando as melhores práticas, você poderia ter uma intenção geral sobre o acesso ao site, e Banco do Brasil e suas variações seriam uma entidade, então no diálogo, você combina a intenção com a entidade e dá uma resposta.
A "regra" é sempre manter as intenções o mais geral possível e usar as entidades para especificar. No início, pode parecer que não faz muita diferença, mas quando o projeto for crescendo vai ajudar bastante.
Espero ter respondido! Se precisar de mais info, só falar :).