Fala Maurício,

Tranquilo?

Como está configurada a sua página que terá a paginação?

Ela tem que seguir mais ou menos esse padrão para que seja feita a paginação correta de Post Type

<?php 
    $temp = $wp_query; 
    $wp_query = null; 
    $wp_query = new WP_Query(); 
    $wp_query->query('showposts=10&post_type=empreendimento'.'&paged='.$paged); 

    while ($wp_query->have_posts()) : $wp_query->the_post(); 
?>
...
<?php endwhile; ?>
<nav>
    <?php previous_posts_link('&laquo; Novos') ?>
    <?php next_posts_link('Antigos &raquo;') ?>
</nav>

<?php 
  $wp_query = null; 
  $wp_query = $temp; 
?>

Dá uma lida nesta publicação, lá tem algumas dicas de como usar taxonomias e categorias e post types, se Empreendimento for uma taxonomia, você pode criar um arquivo taxonomy-empreendimentos.php, se for uma categoria pode criar um arquivo category-empreendimentos.php.

Espero ter ajudado!

Abraços!

Criei um arquivo dessa forma: taxonomy-empreendimentos.php e funcionou. Obrigado.

Att, Maurício.