O Navigator só mostra os arquivos enquanto que o package explorer realmente mostra a visão pensando na linguagem java mesmo. Deve ter algum erro de compilação.

Você pode sim criar um novo projeto e colocar os pacotes de acordo com os conteúdos que você aprendeu :).

Ok, esses erros surgiram depois que fiquei movendo esses pacotes para o meu novo projeto. Depois tentei desfazer porque não estava entendo nada (aonde colocava o quê...). O que parece que aconteceu foi que em uma clase que usa um método ele não de qual classe pertence, etc.

Veja um mensagem por exemplo: "The method calculaTributos() of type SeguroDeVida must override or implement a supertype method"

Consegui resolver.

Só mais uma pergunta: Na importação, a JVM considera o nome do arquivo ou nome da classe? Meu arquivo era ControladorDeBonus.java e a minha classe ControladorDeBonificacao. Tive que mudar porque nao compilava. A propósito, a minha classe ControladorDeBonus deve ficar no pacote pessoas (que criei), junto com as classes cliente, funcionario, etc., ou deve ficar no pacote sistema?

Oi Geovane dá uma lida com calma nesse post deste site sobre nomes de arquivos e nomes de classe no Java:

http://high5devs.com/2015/01/nome-dos-arquivos-e-nome-das-classes-na-linguagem-java/

Eu li e me ajudou bastante.

Logo a seguir em Java para Web você vai aprender sobre MVC e entender o porquê da organização do programa em pacotes, a separação da lógica, banco de dados e outras divisões em pacotes que tornam o programa mais fácil de escalar(escalabilidade) e manter. Espero ter ajudado