Outra solução

Falta elegância, mas fiquei feliz de ter conseguido!

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

function desenhaBandeiraBrasil() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.fillStyle="darkblue";
    pincel.beginPath();

    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
    pincel.fill();
}


function desenhaBandeiraAlemanha() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}

var segundos = 0;
function trocaBandeira()  {

      segundos = segundos + 1000;

    if(segundos <= 3000){
    desenhaBandeiraBrasil();
    }else
        if(segundos > 3000){
        desenhaBandeiraAlemanha();
        }
    if(segundos == 6000) {
    return segundos = 0;
    }
}    
    setInterval(trocaBandeira, 6000);

</script>