Outra forma de pensar

Uma forma de resolver a aparição do "você errou" mesmo apos acertar, é usar um return quando acerta com a mensagem de acertou

<meta charset="UTF-8">

<input/>
<button>Compare com o meu Segredo</button> <!--Tag que cria um botão-->

<script>

    var segredo = [5, 7, 10, 2];

    var input = document.querySelector("input"); 
    input.focus();


    function verifica() {
        for (var posicao = 0; posicao < segredo.length; posicao++ ) {

            if (input.value == segredo[posicao]) {
                return alert("Você Acertou!");
            } else {
                alert("Você Errou!");

            }
        }
    }
    input.value = "";
    input.focus 
    var button = document.querySelector("button");
    button.onclick = verifica;
</script>