Os meus números ainda estão se repetindo. (Ainda não fui para a parte de proibir que o "0" apareça na escolha aleatória).

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<input/>
<button>Compare com o meu segredo</button>

<script>

    function sorteia() {

         return Math.round(Math.random() * 10);
    }

    function sorteiaNumeros(quantidade) {

        var segredos = [];
        var numero = 1;

        while(numero <= quantidade) {

            var numeroAleatorio = sorteia();
            var chutei = false;


            for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++) {

                if(segredos[posicao] == numeroAleatorio) {
                    chutei == true;
                    break;
                }
            }


            if(chutei == false){

                 segredos.push(numeroAleatorio);
                 numero++;
            }



        }

        return segredos;


    }

    var segredos = sorteiaNumeros(3);

    console.log(segredos);

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verifica() {

        var chutei = false;
        for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++) {

            if(input.value == segredos[posicao]) {

                alert("Você ACERTOU!");
                chutei = true;
                break;
             } 

        }

        if(chutei == false) {

            alert("Você ERROU!");

        }


            input.value = "";
            input.focus()

    }

    var button = document.querySelector("button");
    button.onclick = verifica;
</script>