Oi Otávio! Obrigado por responder!
Nessa parte em que eu estava ele ainda não havia falado sobre a definição da ordem dos filtros no web.xml então não há nenhuma definição de filtro lá.
Eu achei estranho porque pelo que entendi que o motivo de passar duas vezes é porque ele está acessando a ação ListaEmpresas que não é permitida, daí, passa-se pelo AutorizacaoFilter uma vez, verifica que a ação não é permitida e redireciona para o LoginForm, onde o navegador chama essa ação e logo passa-se pelo filtro de autorização uma segunda vez, mas por algum motivo no meu console ele só mostra que passou uma vez.
Enfim, vai entender! ¨\o/¨
Com relação à ordem, pelo que o Nico fala no video não há controle dessa ordem a não ser que ela esteja definida no web.xml.