Fala ai Viviane, tudo bem? Isso provavelmente deve acontecer porque ao mudar as pastas você precisa atualizar as importações entre os arquivos.

Exemplo:

meu-projeto
    index.html
    index.css

Imagine uma pasta meu-projeto com um index.html e index.css dentro, para importar o CSS na página HTML podemos fazer:

<link rel="stylesheet" href="./index.css">

Mas, se a gente criar uma pasta específica para arquivos CSS dentro do meu-projeto e mover o index.css para lá, precisaríamos atualizar a importação:

<link rel="stylesheet" href="./css/index.css">

Isso vale para arquivos .js, imagens, .html, etc...

Espero ter ajudado.

Oi, Viviane, ttudo bem?

Isso pode acontecer caso você não referencie a pasta de destino onde você quer chamar o projeto. Por exemplo, você tem uma pasta css com os arquvios de estilo, para que ela seja vista, você precisa chamar ela, dessa forma:

<link rel="stylesheet" href="css/styles.css" />

O que fazemos é acessar a pasta com o o uso da /, ela nos dá acesso á pasta css e aos arquivos dentro dela, no caso acima, o style.css.

Se ficou alguma dúvida é só falar!