Boa tarde, Amanda! Tudo bem? =)
O JavaScript não possui um main, como o Java, mas tem uma certa ordem que você deve seguir, sim. E, na verdade, é bem fácil de saber qual a ordem! =)
Basicamente, você pode criar quantos arquivos você quiser... E cada um pode ter o tamanho que você quiser. Dependendo de como você estiver organizando-os, é possível que um dependa de outro, ou seja, um possa utilizar uma função, por exemplo, que foi criada em outro arquivo. Nesse caso, o .js com a criação da função deve ser importado antes. =)
Basicamente é uma questão de dependências: Se algum arquivo precisa de algo criado em outro, então ele deve ser importado depois. =)
Espero ter ajudado, mas se houver dúvidas não deixe de postar por aqui para podermos ajudá-la!
Abraço e bons estudos,
Fábio