Solucionado (ver solução)
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Ordem de execução.

No arquivo Vagrantfile ele executa linha por linha conforme a sequencia? Por exemplo se eu no arquivo colocar para reiniciar o serviço do mysql antes de instalar ele vai dar error neh?

Seguindo essa logica as configurações iniciais devem estar nas primeiras linhas?


$script_install_mysql = <<-SCRIPT
    apt-get update && \
    apt-get install -y mysql-server-5.7 && \
    mysql -e "create user 'phpuser'@'%' identified by 'pass';"
SCRIPT

Vagrant.configure("2") do |config|
    config.vm.box = "ubuntu/bionic64"
    config.vm.network "forwarded_port", guest: 80, host:8088
    config.vm.network "public_network"

    config.vm.synced_folder "./conf", "/conf_vm"
    config.vm.synced_folder ".", "/vagrant", disabled: true

    config.vm.provision "shell", inline: "sudo apt-get update && sudo apt-get install -y nginx"
    config.vm.provision "shell", inline: "cat /conf_vm/id_bionic.pub >> .ssh/authorized_keys"
    config.vm.provision "shell", inline: "cat /conf_vm/sql_conf > /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.conf"
    config.vm.provision "shell", inline: "service mysql restart"
    **config.vm.provision "shell", inline: $script_install_mysql**
end
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solução!

Olá, Albert. Beleza?

Isso mesmo, o Vagrant vai verificar sequencialmente as linhas do seu Vagrantfile. Então tentar executar o service mysql restart sem que a instalação do mysql tenha sido feita deve causar um erro.

Se um comando for dependência do outro, ele deve vir antes.

Espero ter ajudado. Se tiver alguma dúvida, é só dizer.