Solucionado
Estou usando a IDE Intellij para as aulas de EJB e tudo estava indo bem mas quando foi instruído para retirarmos as anotações e adicionarmos as configurações no xml eu fiquei sem saber qual a estrutura correta de pastas para o Intellij. Alguém pode me ajudar?
Oi Gabriel, nesse caso a pasta continua a mesma, META-INF, dentro da sua source folder.
No que se refere ao projeto é a mesma coisa, vc não terá que mexer em alguma pasta do IntelliJ, deve ficar no mesmo local