Olá Sophia, 
Seu código ficou bem legal, mas pode melhorar. Na função mostra chame também a função pularLinha();
Veja um exemplo:
function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pularLinha();
    }
Ajuste sua declaração da variável para que fiquem iguais.
Veja o outro exemplo:
mostra("Nossa diferença de idade é" + (minhaIdade - idadeIrma));
Para efeito de aprendizagem vou deixar o meu código aqui, espero que goste.
<meta charset="UTF-8">
<script>
    function pularLinha() {
        document.write("<br>");
    };
    function mostrar(frase) {
        document.write(frase);
        pularLinha();
    };
    function calculaIdade(minhaIdade, outraIdade) {
        return minhaIdade - outraIdade;
    };
    var nome = prompt("Olá, qual seu nome?")
    var minhaIdade = parseInt(prompt(nome + " por gentileza, informe sua idade."));
    var outroNome = prompt("Qual o nome da pessoa ao qual será comparada as idades?");
    var outraIdade = parseInt(prompt("Qual é a idade de " + outroNome + " ?"));
    var soma = calculaIdade(minhaIdade, outraIdade);
    mostrar("Nossa diferença de idade é de " + soma + " anos.");
</script>