A quantidade de sub 1 está sendo atribuída a quantidade de sub 2, sendo assim o erro está no simbolo de atribuição,para ficar com o resultado correto deverá ser usado o simbolo de == .
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<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>