Na condicional "if" ao invés de estar sendo feito uma comparação entre as duas variáveis, Braga esta atribuindo a quantidadeCarbono2 à quantidadeCarbono1. Dessa forma elas passam a ter o mesmo valor. Devemos colocar dois sinais de "=" para comparar.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
mostra(quantidadeCarbono1)
mostra(quantidadeCarbono2)
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>