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Onde está o erro de Braga?

Na condicional "if" ao invés de estar sendo feito uma comparação entre as duas variáveis, Braga esta atribuindo a quantidadeCarbono2 à quantidadeCarbono1. Dessa forma elas passam a ter o mesmo valor. Devemos colocar dois sinais de "=" para comparar.

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    mostra(quantidadeCarbono1)
    mostra(quantidadeCarbono2)

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>
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Exatamente Claudinei,

== é um sinal de comparação = é um sinal de atribuição

Muito bom seu comentário!