Braga errou na condição "if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2)" Colocando apenas um "=", assim a condição entente que quantidadeCarbono1 e quantidadeCarbono2 sempre será igual mesmo que isso não seja verdadeiro, onde o correto deve SER "==" para que a condição fique correta em analisar se quantidadeCarbono1 é igual a quantidadeCarbono2. Então deve ficar assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>