Quando ele abre a comparação no seu código, esqueceu de colocar mais um igual para significar que o valor recebido é igual e não que está novamente recebendo o segundo valor. Errado:
if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
Correto:
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}