onde declarar uma variável ??

Boa noite, Thiago! Como vai?

De modo geral, o local de declaração da variável vai depender do que vc está querendo fazer e da lógica de seu código. E em alguns casos, haverá mais de uma forma de fazer a mesma coisa! Esse seu exemplo é um deles, pois a variável altura poderia ser declarada fora do for, dessa forma:

function desenhaBarra(x, y, serie, cores, texto) {

    desenhaTexto(x, y - 10, texto);

    var somaAltura = 0;
    var altura = 0;

    for (var i = 0; i < serie.length; i++) {
        altura = serie[i];
        desenhaRetangulo(x, y + somaAltura, 50, altura, cores[i]);
        somaAltura = somaAltura + altura;
    }
}

Esse traquejo vc vai pegando mais com o tempo e experiência que vc vai ganhando!

Pegou a ideia? Qualquer coisa é só falar!

Grande abraço e bons estudos, meu aluno!