Oii Nicolas, como você está? Espero que esteja bem ^-^

Sinto muito pela demora em obter um retorno.

Podemos deixar esse trecho após o escopo do for. Pois, ao entrar no escopo do for a quantidade de traços/letras a se acertar diminui caso a letra seja encontrada.

Veja como fica a modificação:

palavra = "banana"
acertos = ["_", "_", "_", "_", "_", "_"]

enforcou = False
acertou = False

print((acertos))

while(not enforcou and not acertou):
    index = 0
    chute = input("Qual letra? ")
    chute = chute.strip()
    for letra in palavra:
        if(chute.upper() == letra.upper()):
            acertos[index] = letra

        index = index + 1

    print(acertos)
    letras_faltando = str(acertos.count('_'))
    print( 'Ainda faltam acertar {} letras'.format(letras_faltando))

Resultado:

['_', '_', '_', '_', '_', '_']
Qual letra? b
['b', '_', '_', '_', '_', '_']
Ainda faltam acertar 5 letras
Qual letra? c
['b', '_', '_', '_', '_', '_']
Ainda faltam acertar 5 letras
Qual letra? n
['b', '_', 'n', '_', 'n', '_']
Ainda faltam acertar 3 letras

Qualquer dúvida estou por aqui, tá bom?

Abraços e bons estudos!