Olá Daniel, boa noite!
Tente instalar pelo próprio PyCharm. Vá em File -> Settings. No menu esquerdo da janela Settings, clique em Project: <nome do projeto>e, em seguida, clique em Project Interpreter.
Do lado direitovai aparecer uma lista com todas as dependências do projeto instaladas. Procure por um botão com o símbolo de adição (+) - ele geralmente é da cor verde. Outra janela deve abrir, digite flask-mysqldb no campo de busca.
No resultado da busca, selecione MySQLdb e, em seguida, clique em Install Package e aguarde a conclusão da instalação.
Veja se assim dá certo.
Espero ter ajudado e bons estudos!