Fala ai Murilo, tudo bem ?
Está bem bacana esse código, acho que tem formas de melhorar a questão do if, contudo não vejo tanto problema nesse seu caso, que é bem um fluxo mesmo.
Daria pra fazer algo assim:
var idade = parseInt(prompt(nome + ", qual é a sua idade?"));
var habilitacao = prompt("Você possui habilitação para dirigir? Responda S ou N.");
if (idade >= 18 && habilitacao == "S") {
mostra("Parabéns " + nome + ", você pode dirigir!");
} else {
mostra("Que pena, " + nome + ", infelizmente você ainda não pode dirigir.");
}