Objetos invisiveis na cena

Que objeto você está tentando inserir?

Porque dependendo do objeto se for por exemplo o inimigo você tem que abrir ele clicando na setinha ao lado do nome dele na hierarquia e habilitar um dos objetos que está dentro dele.

Pode também ser um erro de importação dos prefabs, todos estão assim?

Estão todos os objetos assim, inclusive o que já estava no workspace do projeto. Mas na tela do game aparece tudo e na scene não

Outro detalhe, estou em outro computador e o projeto esta normal.

Veja se no topo superior da Unity na parte de Layers, todas elas estão marcadas. (Clique no olho em Everything).

Tente também a opção do Menu em Assets > Reimport All

A opção default estava desabilitada em Layers. Ativei e voltou ao normal, obrigado.