Olá Jeferson, tudo bem? Espero que sim!
Você pode utilizar a IDE de sua preferência, todas ela irão funcionar perfeitamente.
A sugestão de utilizar um notebook Jupyter ou o Google Colab em ciência de dados é para que seja mais prático. O notebook permite escrever células de texto para representar as conclusões de cada trecho da análise e principalmente rodar pequenos trechos de código separadamente, mostrando o resultado logo abaixo e armazenando na memória.
Algoritmos de machine learning por exemplo costumam demorar muito tempo para serem treinados, tomando minutos ou horas de execução. No arquivo .py você terá que executar o código desde o início todas as vezes que houver alguma modificação ou acrescentar um novo trecho que depende de outro.
Você tem a opção de utilizar arquivos .ipynb (formato de arquivo de notebooks) diretamente no pycharm ou vscode também caso prefira.
Bons estudos!