o que é pop up e qual a diferença do alert com o <script>

Oi, Emanuely, tudo bem?

O pop-up é um tipo de janela que se abre no navegador ao visitar uma página web. Ela tem variades funções para cada site, mas no geral, servem para nos avisar sobre algo relativo ao site. O alert do Javascript tem essa função, de criar um pop up que visa alertar, avisar o usuário de alguma coisa e, precisa-se clicao no ok para prosseguir, segue a documentação sobre o alert:

https://www.w3schools.com/js/js_popup.asp

Espero ter te ajudado!