O projeto deve ficar dentro da pasta do Bootstrap ?
Você está vendo a versão anterior da nova experiência da Alura que estamos preparando para você. Em breve, ela ganha uma identidade visual novinha totalmente pensada em potencializar seus estudos!
O projeto deve ficar dentro da pasta do Bootstrap ?
Não. O ideal é que você coloque os arquivos do bootstrap agrupados em uma pasta (assets, como por exemplo), daí você separa arquivos de css, javascript, fonts, e etc, por pastas. Daí só linkar esses arquivos no seu index.html.