Solucionado
Esse código aqui funcionou normalmente porque quando eu usei "alert(vitorias * 3);" e "alert(empates * 1);" eu transformei a string am número por causa da operação de multiplicação??? É isso???
var vitorias = prompt("Entre com o número de vitórias.");
alert(vitorias * 3);
var empates = prompt("Entre com o número de empates.");
alert(empates * 1);
var pontos = vitorias * 3 + empates * 1;
Boa noite, isso mesmo Alexandre, são apenas metodologias diferentes, mas o resultado é igual, o motivo do professo arquitetar o código é apenas uma questão de boas práticas, porém não significa que seu código esteja incorre, afinal o resultado será o mesmo.
Ok, obrigado.