Olá, Guilherme! Como está?
Sua dúvida é muito pertinente e para compreender essa diferença é importante lembrar que o Scratch faz a leitura do código linha por linha. Nesse sentido, o bloco sempre irá repetir tudo o que está em seu interior (seu escopo) mas observe bem que para a bolinha pontuar para o jogador (ou seja, a posição x da bolinha ser maior que 229 e adicionar um ponto a variável meus pontos) o código primeiro precisa esperar que o oponente faça um ponto.
De forma sucinta, para que você tenha um ponto no seu placar primeiro precisa esperar que o oponente faça um ponto.
Por outro lado com o código dividido, assim que a bandeirinha verde for clicada a verificação do bloco "espere até que" acontecerá de forma simultânea e independente (assim não precisamos esperar pelo oponente marcar um ponto).
Tudo certinho?
Espero que tenha ajudado!
Fico à disposição em caso de dúvidas!
Um abraço e bons estudos!