O overlay criado não cobria alguns elementos, como os campos de input, o botao de login e a imagem na página de login. Para corrigir isso, foi necessário adicionar um z-index: 2 na barra de menu, e deixar um z-index: 1 no overlay.
.menu-bar {
position: fixed;
height: 100%;
width: 90%;
max-width: 320px;
margin: 0;
padding: 1em;
background: #f0f0f0;
top: 0;
left: -90%;
transition: left 0.3s ease-out;
z-index: 2;
}
.active-menu .menu-bar{
left: 0;
}
.active-menu .overlay{
position: fixed;
top: 0;
left: 0;
right: 0;
bottom: 0;
background: rgba(0,0,0,0.4);
z-index: 1;
}