Olá, Alan. Tudo bem?
Peço desculpas pela demora em responder.
Como a ideia é adicionarmos o número 2 ao valor da quantidadeCarbono2, devemos realizar esta operação apenas com a quantidadeCarbono2. Da forma como foi realizada a operação de soma, que podemos ver a seguir:
(quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono1 + 2);
teremos alguns problemas. Primeiramente, não precisa utilizar os parênteses no início e no fim da operação, beleza? Falando sobre a soma em si, você está somando o valor da quantidadeCarbono1 ao número 2 e está atribuindo essa soma a quantidadeCarbono2.
Por exemplo, digamos que o valor da quantidadeCarbono1 é 5 e o valor da quantidadeCarbono2 é 9, a operação seria a seguinte:
quantidadeCarbono2 = 5 + 2;
Quando, na verdade, a operação deveria ser a seguinte:
quantidadeCarbono2 = 9 + 2;
Ou seja, deveríamos somar o número 2 ao valor da quantidadeCarbono2.
Essa parte do código ficaria dessa forma:
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
Agora que realizamos a operação de soma da quantidadeCarbono2, temos que perguntar se o seu valor é igual ao valor da quantidadeCarbono1. 
No if atual, estamos utilizando as condições de forma errada, pois o sinal de = é um sinal de atribuição. Para isso, devemos utilizar o sinal ==, que é o sinal de igualdade. Além disso, foi utilizado uma condição de menor que 3, que não precisaríamos, nesse caso.
O if após a utilização da condição de igualdade seria escrito da seguinte forma:
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2) {
    console.log(quantidadeCarbono1);
    mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
    mostra("São substâncias bem diferente");
}
Espero ter ajudado, Alan. Se tiver mais alguma dúvida, estou à disposição. Bons estudos =)
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