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O meu backup não deu certo, mas o prorio terminal deu a resposta e agora funciona!

try: zip -qr backup.zip . -i /home/mcprogramador/workspace/

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Boa tarde @marcos, comigo aconteceu a mesma coisa, quando usamos no script ~/workspace/, basicamente ele está apontando para /home/user/, mas não está encontrando essa determinada pasta para fazer esse zip, então eu movi essa pasta para a /home/user/ e refiz o processo e tudo funcionou.

Creio que era esse o problema mesmo, direcionamento da pasta workspace dentro da /home/user/.

Mas se acaso você não moveu a pasta e conseguiu, que bom, também não achei nada mais específico na internet sobre isso.