Algo que percebi enquanto fuçava no código é que mesmo que coloquei o menor número sendo 90 e o maior 100, o número aleatório sempre vai buscar entre 0 e 100. E para arrumar isso funcionou da seguinte forma:
function gerarNumeroAleatorio() {
return parseInt(Math.random() * (menorValor - maiorValor) + maiorValor + 1)
}
Sendo o menorValor o 1º numero e o maiorValor o 2º número :)