O erro está...

Perfeito, Jonatas!

Esse foi o erro!

Segue o correto abaixo

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

Um abraço e bons estudos!

Após este ajuste ele vai dizer que são bem diferentes, pois não tem o cálculo do referente a quantidade de carbono 2, a linha do código esta escrita assim:var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1")); var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2; (nesta linha não tem cálculo, para mim é uma linha escrita apenas, sendo assim ele não consegue calcular e passar o resultado preciso. Pelo menos é o que eu entendi até agora. Se alguém puder ajudar, eu agradeço.)

if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

    mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {

    mostra("São substâncias bem diferentes");