O erro está...

ESTE É O CÓDIGO ERRADO !!

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>

No código acima encontra dois erros o primeiro, a conta de matemática "quantidadeCarbono2 + 2" não está em funcionamento pois não há uma variável para executar ela, e o segundo erro estava na condição do "if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2)" neste caso o simbolo = está atribuindo o valor do carbono 1 ao valor do carbono 2, e nesse caso não precisamos de atribuição e sim saber a igualdade entre os valores que é representado pelo "==" como eu coloquei no código a baixo e era por esses erros que a opção "São substâncias bem diferentes" não aparecia.

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    var quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>