No trecho do código...
while not acertou and not enforcou:
chute = input('Qual letra? ')
chute.strip()
for letra in palavra_secreta:
if chute.upper() == letra.upper():
print('Encontrei a letra {} na posição {}'.format(letra, index))
index += 1
print('Jogando...')
index = 0 # <<< INSIRA ESTA LINHA PARA CORRIGIR O CONTADOR!
E necessário zerar a variável index nesse ponto para que o contador possa sempre dar as posições corretas no laço do while.