usando o phpstorm, com \r \n e . PHP_EOL; e a quebra de linha não acontece, inclusive no cmd php reconhece mas quando chama o php, ele nao responde. copmo alternativa para rodar o codigo tenho o wampserver funcioanndo de boa , mas a quebra de linha não rola.
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No navegador o "PHP_EOL" não funciona mesmo, para utilizar no navegador para quebrar a linha você pode utilizar a tag "" do html.
<?php
$tagBr = "<br>;
echo "uma linha".$tagBr;
echo "mais uma linha".$tagBr;
echo "terceira linha".$tagBr;
?>dessa forma no navegador vai dar certo a quebra de linha. Agora se não esta funcionando na linha de comando ai realmente não sei o que pode ser.