Copiei o código do exercício e, sem alterar, abri no Firefox 52.6.0 e no Explorer 11.0.85. Nenhum deles aceitou repetição de ingredientes. Isso se dá por alguma funcionalidade das versões dos navegadores?
<meta charset="UTF-8">
<h1>Receitas do Yan</h1>
<script>
var ingredientes = [];
var quantidade = parseInt(prompt("Quantos ingredientes você vai adicionar?"));
var contador = 1;
while( contador <= quantidade) {
var ingrediente = prompt("Informe o ingrediente " + contador);
ingredientes.push(ingrediente);
contador++;
}
console.log(ingredientes);
</script>