O erro do Braga foi colocar um sinal de igual a menos. Em JavaScript, um único sinal de igual é utilizado para realizar atribuições. Quando ele utilizou a função else, ela simplesmente não conseguiu identificar qual era o oposto do que estava condicionado em if. Quando queremos estabelecer um sentido de igualdade, utilizamos dois sinais de =. Assim:
if (quantidadeCarbono1 = = quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>