É difícil sugerir muitas alterações, mas testando seu código ele retornou "Nan", quando não passei ou a altura ou o peso.
Ele tenta calcular, mas não consegue.
Tenta assim, e ai pode implementar tratamentos melhores. Aqui só evitei a execução do calculo, mas não aprofundei muito....
Vê se realmente era isso.
<meta charset="UTF-8">
<h1>imc Difinitivo</h1>
<script>
function pulaLinha (){
document.write("<br>");
}
function mostra (frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var nome = prompt("informe seu nome");
var alturaInformada = prompt( nome + ",Informe sua altura");
var pesoInformado = prompt( nome + ",Informe seu peso");
// mão calcula em caso de estar sem as infomações
if(alturaInformada == '' || pesoInformado == ''){
document.write( nome + "<br>Erro, Não podemos calcular o IMC sem os dados de altura ou peso");
}else{
var imc = ( pesoInformado / (alturaInformada * alturaInformada) );
document.write( nome + ",seu imc é: " + imc);
}
</script>