Acho que corrigi o problema e coloquei uma variável para não permitir que quando for pressionado ctrl, alt e o clique faça o desenho.
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'lightgrey';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
var tamanhoCirculo = 10;
function desenhaCirculo(evento) {
var bloqueado = false;
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
if (evento.shiftKey && evento.ctrlKey) {
alert('Você só pode usar um comando por vez (Ou aumentar ou diminuir).');
bloqueado = true;
}
else if (evento.shiftKey && (tamanhoCirculo + 10 <= 40)) {
tamanhoCirculo += 10;
}
else if (evento.ctrlKey && (tamanhoCirculo - 5 >= 10)) {
tamanhoCirculo -= 5;
}
if (!bloqueado) {
pincel.fillStyle = 'blue';
pincel.beginPath();
pincel.arc(x, y, tamanhoCirculo, 0, 2 * 3.14);
pincel.fill();
console.log(x + ',' + y);
}
}
tela.onclick = desenhaCirculo;