O alerta não aparece e o Chrome aponta como erro o </script>

Olá Izabella,

há vários problemas e alguns probleminhas em seu código.

Como disse antes, a indentação deve ser precisa, para que possa, por exemplo, enxergar quando uma instrução 'if', 'for', 'while' ou uma function terminam.

Talvez por conta disto você não tenha percebido a falta de uma chave que fechasse o 'else'. (O erro que o console indicava não era o </script> em si, mas a existência de um </script> com algo faltando antes (a chave do else).

Um outro problema que só será mostrado no console após corrigir este primeiro, é que a variável button não foi declarada. Como quis mudar o nome da variável para 'botão', a variável button que consta no evento 'button.onclick' ficou sem ser declarada. Ambas (botão e button) devem ser consideradas como uma coisa só, porque são uma coisa só, uma mesma variável.

(aqui um parênteses: não utilize nomes de variáveis ou de functions com acentos, cedilhas, ou outros caracteres inusuais. Assim você não correrá risco de usar caracteres inválidos, e nem se confundirá ao escrever novamente o nome da variável. Ela sempre será sem acento ou cedilha.)

Da mesma forma que 'button', 'input' também não foi declarado, porque você quis mudar o nome da variável que recebe o 'input' para 'caixinha', mas ao comparar o 'caixinha.value' escreveu 'input.value'.

Consertando isto, seu código funciona.

<meta charset="UTF-8">
<input/> 
<button>Compare com o meu segredo</button>

<script>

var segredo = 50;
var caixinha = document.querySelector("input");

function verifica() {

    if (caixinha.value == segredo) {
        alert("vc acertou, iup");

    } else {
        alert("HA VC ERROU penah");

    }
}

var botao = document.querySelector("button");
botao.onclick = verifica;

</script>

Mas relembro que ainda ficaram linhas de comando sem ponto e vírgula no final, espaços entre functions e (), e a já falada indentação, como boas práticas de programação.

Atenção, e bons estudos.