Marcos,
minimamente, só é necessário um contador que é a própria variável.
E precisou limitar a < 100 (para em 98) porque depois que seu código avalia esta condição, ele soma dois (98+2) e mostra (100).
Do jeito que está abaixo, chega no 100, mostra 100, soma 2 (102, que não mostra) e para.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var contador = 2;
while (contador <= 100) {
mostra(contador);
contador = contador + 2;
}
mostra("FIM");
</script>