NPM install

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Olá Rafael, tudo bem com você?

Além de deletar a node_modules e o package-lock.json, eu recomendaria você remover o sqlite3 do package.json, as vezes a versão que está tentando utilizar esta com algum problema de biblioteca

  "dependencies": {
    "body-parser": "1.18.3",
    "express": "4.16.3",
    "marko": "4.13.4-1",
    "method-override": "3.0.0"
  },

Aqui eu tenho 2 sugestões, em relação a versão

• npm install sqlite3 : Vai fazer o download da última versão ( que atualmente é 5.0.0), eu acredito que não haverá nenhuma quebra de compatibilidade

Eu acabei de testar com ela e o servidor rodou normalmente

• npm install sqlite3@4.2.0: Essa versão é bem estável e era a última oficial, então com certeza não terá problemas, caso tenha algum problema com a 5.0.0 pode tentar ela :)

E ai depois pode rodar npm install para fazer download das outras dependências, e npm start para rodar o servidor

Pode testar?

Abraços e Bons Estudos!