Daniel, vc possivelmente tem 2 arquivos advinhacao.py em 2 diretorios diferentes. Por isso acusa esses 2 caminhos.
As IDES também tem suas particularidades, para vc ver teu script rodando dessa forma finalizada e refinada o editor tem um trabalho "oculto", por baixo dos panos, ele tb pode criar outros arquivos de configuração e outros diretorios.
Sabe o que eu gosto de fazer para "confundir" meu editor? Eu crio uma infinidade de testes para ver como ele vai reagir. É divertido ver a coisa entrando em combustão e "errando" tudo.
Enfim, no teu caso possivelmente é aquela questão mesmo dos 2 arquivos com mesmo nome em lugares diferentes. Teste ;)