O "pwd" este comando é do linux, então, suponho que vc esteja usando alguma distribuição linux ou o Git Bash no Windows.
Do jeito que vc escreveu o script, ele procura o:
arquivo_novo = open("novo.txt", "a")
no mesmo diretório que vc esta executando o Script. Se o arquivo não existir ele cria o arquivo, se o arquivo existir ele acrescenta mais linhas. Se o arquivo estiver em outro diretório, por exemplo no diretório auxiliar(sub-pasta) ou vc coloca o caminho completo ou assim:
arquivo_novo = open("apoio/novo.txt", "a")
eu criei um diretório(ou sub-pasta) chamado apoio e alterei o script para refletir a mudança:
arquivo_novo = open("apoio/novo.txt", "a")
arquivo_novo.write("tst1\n")
arquivo_novo.write("tst22\n")
arquivo_novo.write("tst333\n")
arquivo_novo.close()
arquivo_novo = open('apoio/novo.txt', 'r')
for linha in arquivo_novo:
print(linha)
arquivo_novo.close()
Obs.: Se resolver seu problema, coloque como respondida por min a sua pergunta! Espero ter ajudado!!