Olá, Iran
Você pode tentar migrar o acesso a dados aos poucos, começando pelas consultas, que são mais simples, e depois passando pelas inserções e atualizações de entidades. No início, você terá apenas algumas consultas em NHibernante, e todo o resto do acesso a dados no Entity Framework.
Se você conseguir manter o mesmo modelo para o EF e para o NHibernate, melhor. Caso o NHibernate exija mudanças no modelo, isso pode afetar o funcionamento do Entity Framework.
É importante que as classes de acesso a dados do NHibernate implementem as mesmas interfaces das classes de acesso a dados do Entity Framework .
Agora, depende também se o seu sistema é muito grande e monolítico, ou se as áreas de funcionalidade são bem separadas, cada uma com um modelo de domínio bem delimitado, seguindo uma abordagem (pensando em DDD - Domain Driven Design). Nesse caso, você poderia migrar inicialmente algumas funcionalidades antes das outras.