Então, você terá que fazer os mapeamentos do hbm.xml também. O hibernate precisará da informação sobre qual é o nome das coisas na classe e o análogo do lado da tabela.
Por exemplo, imagine que você tem uma classe Aluno que tem uma propriedade chamada Nome. Porém, você tem um banco de dados legado que tem uma tabela Aluno, mas a coluna se chama dbName. No seu Aluno.hbm.xml você terá a seguinte property:
<property name="Nome" column="dbName"/>
que ai sim o hibernate saberá como relacionar as suas classes com o banco que já existe.