Olá,
No contexto geral o que diferencia o netbeans do eclipse ? Posso rodar projeto criado em um e executar no outro ? Pode haver algum impedimento que um fornece e outro não ?
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Netbeans e Eclipse
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Eclipse é uma ide baseada em plugins enquanto o Netbeans é baseado em ferramentas abordando o conceito de ambiente integrado, vc pode rodar sim um projeto com ambas as ide's desde que seja feita a configuração adequada pra cada um deles, que eu saiba não existem impedimentos entre um e outro, o que vai diferenciar mesmo é que um pode ser melhor que o outro pra desenvolvimento de acordo com o tipo de projeto que vc vai trabalhar