Olá Yuri, tudo bem?
Passei pelo mesmo problema... kkk, mas relaxa, é simples.
O navigator é a mesma coisa que o package explorer, só é mais "sujo", porque ele não esconde algumas informações que não são tão relevantes.
Mas para criar uma nova pasta ou um arquivo .java utilizando esta aba, você pode clicar no diretório em que deseja adicionar a pasta e após, com o botão direito seguir os passos:
New -> Package... Seria o caminho mais direto... mas como acho que você não tem esta opção, conforme o descrito, pode fazer também:
New -> Other -> General -> Folder.
Em ambas as opções você vai direcionar o "Parent Folder" e após o folder name.
Espero ter ajudado.
new Saudacoes();
; )