Boa noite, Eduardo! Como vai?
Normalmente a principal diferença é em relação à performance. Os nativos vão ter sempre alguma vantagem que vai variar pra mais ou menos dependendo da tecnologia que vc estiver utilizando para desenvolver sua app multiplataforma!
Então, antes de iniciar o desenvolvimento é bom ter de forma clara na cabeça as diferenas entre as possibilidades que temos no mercado no que diz respeito ao desenvolvimento multiplataforma! E hoje em dia as principais tecnologias nessa área são Xamarin, Ionic, React Native e Flutter. Mas aí a diferença entre cada uma delas é papo pra um outro tópico ( talvez até um vídeo na Alura+ )!
Pegou a ideia? Qualquer coisa é só falar!
Grande abraço e bons estudos, meu aluno!